La démarche Natura 2000 privilégie la participation active des acteurs locaux à travers deux types de dispositifs de gestion des sites :
Les contrats Natura 2000
Ils sont établis entre l'Etat et toute personne physique ou morale, publique ou privée, propriétaire ou ayant droit, sur des terrains inclus dans un site. Ils correspondent à la mise en oeuvre d'actions concrètes, volontaires, rémunérées ou aidées, en faveur de la réalisation des objectifs inscrits dans le DOCOB et conformément à des cahiers des charges figurant dans le DOCOb.
Le contrat définit la nature des engagements pris et le montant des contreparties financières qui seront accordées au bénéficiaire sur le budget de l'Etat et sur un fonds communautaire, le FEADER.
A titre d'exemple : entretien de mares, arrachage de plantes envahissantes, fauchages tardifs, constitution de pâturages...
La charte Natura 2000
Elle figure également au document d'objectifs et permet l'adhésion aux objectifs du site Natura 2000. Elle comprend des engagements de l'ordre des bonnes pratiques ne donnant pas lieu à rémunération mais ouvrant droit à des exonérations de taxes foncières. Il peut s'agir par exemple de la mise en place de pratiques sportives ou de loisirs respecteux des habitats naturels et des espèces.