Au total, le site Natura 2000 de la baie du Mont-Saint-Michel compte :
- 2 espèces floristiques inscrites à l’annexe II de la directive Habitats
- 21 espèces faunistiques inscrites à l’annexe II de la directive Habitats
- 68 espèces d’oiseaux inscrites à l’annexe I (25 esp.) ou à l’article 4.2 de la directive Oiseaux (43 esp.)